NECST Lab at Berkeley
NECST Lab at Berkeley

La seconda settimana del NECST Lab in California inizia con la visita al Lawrence Berkeley National Laboratory, fondata nel 1931 e sinonimo di eccellenza nel mondo scientifico, a cui sono associati ben 13 premi Nobel e con 70 membri tra gli scienziati del National Academy of Sciences (NAS), una delle onorificenze scientifiche più importanti ed esclusive negli States. In questo contesto, sia i laureandi magistrali che i dottorandi del Politecnico di Milano hanno tenuto diversi talk.

Ad attenderci al Lab, c’era Steven Hofmeyer, ricercatore facente parte della sezione Computer Languages & Systems Software.

NECST Lab in visita al Berkeley Lab

NECST Lab con Steven
NECST Lab con Steven, ricercatore al Berkeley Lab

La giornata è stata ricca di talk, sia durante la mattinata al Berkeley Lab, sia da Pinterest nel pomeriggio. Il primo talk è stato presentato da Marco Arnaboldi, studente magistrale in Ingegneria Informatica.

Marco Arnaboldi durante il talk, andato anche in diretta su Biomedical: ingegneria e medicina su CUE
Marco Arnaboldi durante il talk, andato anche in diretta su Biomedical: ingegneria e medicina su CUE

“Marco, spiegaci cos’hai presentato durante la mattinata a Berkeley e alcune tue sensazioni personali”
“Allora, io ho presentato XeMPUPiL, un performance-aware power capping orchestrator, praticamente un sistema di gestione dei carichi intesi come applicazioni nei data center che tiene conto delle performance e allo stesso tempo tiene conto anche dei consumi del data center. All’inizio ero teso, perché essere difronte praticamente agli “inventori” di questi sistemi non è certamente facile, però poi mi sono sciolto un po’ ed è andato tutto più liscio!” 

Dopo Marco, è stata la volta di Giulia Guidi, nata come ingegnere biomedico ma, negli ultimi due anni, traslata sull’informatica. “Ho presentato il lavoro che sto svolgendo qui a Berkeley come visiting student” spiega “Si tratta di un algoritmo per l’assemblaggio del genoma, al momento siamo nella fase iniziale, ma comunque abbiamo ottenuto ottimi risultati. Sono anche soddisfatta della presentazione e spero che questo lavoro sia stato apprezzato anche dagli altri.”

Giulia Guidi
Giulia Guidi

“Il mio obiettivo è specializzarmi sempre di più nell’ambito informatico, mi piace molto, continuerò a lavorare per migliorare questo algoritmo. La mia attuale ricerca è un ottimo trade off, nel senso che riesco a conciliare entrambi i campi di studio, ma non è escluso che mi possa dedicare interamente all’informatica, anche in argomenti lontani dalla biomedica.” 

Marco Bacis, il terzo speaker del NECST Lab, ha presentato il suo talk basato sul lavoro dell’implementazione dei dati convulazionali per FPGA, con una riposta decisamente positiva da parte del pubblico, che ha posto diverse domande sull’argomento. “Il posto è molto bello, moderno, fanno un sacco di cose interessanti e per essere la prima volta che metto piede a Berkeley sono davvero soddisfatto. Inoltre c’è una bella vista sulla baia di San Francisco, che non guasta!” 

Dopo l’intervento di Luca Stornaiuolo con una presentazione già spiegata nel primo articolo dell’ IPDPS, il quarto ed ultimo della mattinata è stato Alessandro Pappalardo, che ha presentato il suo lavoro di tesi portato avanti nell’Università dell’Illinois a Chicago, un lavoro che lui stesso definisce “Prettamente algoritmico, lontano dalla mia confort zone. Negli algoritmi è richiesta tanta matematica, però devo dire che mi è piaciuto molto e sono stato soddisfatto del lavoro, sebbene sia stato molto in solitaria in quanto a Chicago nessun professore si occupava di questi argomenti.”

Alessandro Pappalardo durante l'esposizione
Alessandro Pappalardo durante l’esposizione

“La mia idea” continua “è utilizzare questi algoritmi (non proprio recenti, risalgono agli anni 70/80 quando le architetture erano molto limitate e si cercava di fare il massimo con ciò che si aveva) che computano la convoluzione, che si prestano al tipo di dato che al momento si cerca di utilizzare su piattaforme come smartphone. Si può dunque riciclare problemi che si avevano allora, cercando di risolvere il problema della batteria, per applicarle a problemi odierni e per certe cose ha funzionato, per altre applicazioni ci sto lavorando.” 

Nel pomeriggio sono seguiti altri quattro talk: i primi tre sono stati presentati da Lorenzo Di Tucci, Chiara Crippa e Alessandro Comodi, ciascuno dei quali ha mostrato il proprio progetto.

Talk di tre dei ragazzi del NECSTLab – Politecnico di Milano a Berkeley Lab!!Enjoy! #BiomedicalCUE #NGC17

Pubblicato da Biomedical: Ingegneria e Medicina su CuE su Lunedì 5 giugno 2017

Lorenzo Di Tucci, neo dottorando del Polimi, ha presentato il suo progetto HUG, un sistema hardware and software che si presuppone possa diventare un supporto per la ricerca biomedica nel campo della medicina personalizzata. “Questo perché” spiega Lorenzo “la medicina personalizzata, nel prossimo futuro, permetterà di creare farmaci “ad hoc”, basati sul DNA dell’individuo. Questo genere di algoritmi sono particolarmente intensivi dal punto di vista della computazione ed utilizzarli all’interno di sistemi puramente software risultano inefficienti, sia per le performance che per il consumo di potenza: HUG diventerà un supporto per la ricerca, in modo da lasciare al ricercatore la scelta tra algoritmi già accelerati da noi ed eseguiti nei nostri server, equipaggiati da acceleratori FPGA, che mandano i risultati all’utente, per lasciarlo focalizzare sul significato biomedico di quel che cerca piuttosto che trovare nuovi modi per visualizzare i dati.” 

Chiara Crippa, laureanda magistrale in ingegneria informatica, ha presentato Nomica, un progetto di tesi magistrale “non pensavo di emozionarmi così tanto durante l’esposizione, comunque sia lo rifarei in ogni modo.”

Alessandro Comodi, studente magistrale di Ingegneria Informatica, ha presentato TiReX (Tiled Regular eXpression matching architecture) “All’inizio è andata bene, nonostante l’agitazione, ma in overall non saprei come descrivere queste sensazioni perché è stato il mio primo talk davvero importante. C’è spazio per migliorare, devo prendere confidenza con me stesso, con la situazione e con ciò che spiego, ma ci sarà sicuramente occasione di dimostrare qualcosa di più.” 

A chiudere il workshop di Berkeley, Emanuele Del Sozzo, dottorando del secondo anno del Polimi, con la sua presentazione, un continuo di quella già spiegata nell’articolo IPDPS. “Ho presentato un’accelerazione su FPGA dell’algoritmo di N-body simulation, sviluppata da me e Lorenzo Di Tucci e Marco Rabozzi. Lo scopo di questo algoritmo è quello di vedere come un sistema composto da un determinato numero di particelle, attratto ad esempio da forza gravitazionale od elettrostatica, si possa evolvere nel corso del tempo. Complessivamente la presentazione e Berkeley mi sono piaciute molto.”

La giornata si conclude con la visita al supercomputer del Berkeley Lab “Non era la prima volta che ne vedevo uno” spiega Emanuele “Avevo già visto quello in Svizzera, ma è sempre molto interessante vedere strutture di questo tipo.”

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